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shRNA設(shè)計（shRNA設(shè)計原則）

發(fā)布時間：2023-04-06 21:55:45 稿源：創(chuàng)意嶺閱讀： 62

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本文目錄:

1、求助：shRNA設(shè)計的步驟及軟件
2、如何設(shè)計連接到質(zhì)粒載體上的shRNA序列，查的文獻序列看不明白
3、shrna敲低原理
4、篩選的sirna可以直接用于設(shè)計shrna嗎

shRNA設(shè)計（shRNA設(shè)計原則）

一、求助：shRNA設(shè)計的步驟及軟件

軟件很多，網(wǎng)上一搜便知，至于Blast，可以將你設(shè)計的靶點直接輸入進行Blast，同源性越低越好

二、如何設(shè)計連接到質(zhì)粒載體上的shRNA序列，查的文獻序列看不明白

應(yīng)該不是輸入錯誤。GATCC是故意設(shè)計的，這樣正確連接上shRNA的質(zhì)粒就不會被BalII切斷，可以以此來驗證shRNA有沒有被連接上（自連的質(zhì)粒會被BglII切斷成linear的通過跑膠就能看出區(qū)別

三、shrna敲低原理

siRNA序列是與mRNA目的序列完全互補結(jié)合的，所以是降解；當(dāng)不完全互補時才是抑制翻譯，miRNA大部分是這樣的。

從而在1oxP 動物的一定發(fā)育階段和一定組織細胞中實現(xiàn)對特定基因進行遺傳修飾之目的的基因敲除技術(shù)。

人們可以通過對誘導(dǎo)劑給予時間的預(yù)先設(shè)計的方式來對動物基因突變的時空特異性進行人為控制、以避免出現(xiàn)死胎或動物出生后不久即死亡的現(xiàn)象。常見的幾種誘導(dǎo)性類型如下：四環(huán)素誘導(dǎo)型；干擾素誘導(dǎo)型；激素誘導(dǎo)型；腺病毒介導(dǎo)型。

shRNA設(shè)計（shRNA設(shè)計原則）

原理方法：

1、利用基因同源重組進行基因敲除基因敲除是80年代后半期應(yīng)用DNA同源重組原理發(fā)展起來的。80年代初，胚胎干細胞（ES細胞）分離和體外培養(yǎng)的成功奠定了基因敲除的技術(shù)基礎(chǔ)。

1985年，首次證實的哺乳動物細胞中同源重組的存在奠定了基因敲除的理論基礎(chǔ)。到1987年，Thompsson首次建立了完整的ES細胞基因敲除的小鼠模型。直到現(xiàn)在，運用基因同源重組進行基因敲除依然是構(gòu)建基因敲除動物模型中最普遍的使用方法。

2、誘導(dǎo)性基因敲除也是以Cre/loxp 系統(tǒng)為基礎(chǔ)，但卻是利用控制Cre 表達的啟動子的活性或所表達的Cre 酶活性具有可誘導(dǎo)的特點，通過對誘導(dǎo)劑給予時間的控制或利用Cre 基因定位表達系統(tǒng)中載體的宿主細胞特異性和將該表達系統(tǒng)轉(zhuǎn)移到動物體內(nèi)的過程在時間上的可控性。

四、篩選的sirna可以直接用于設(shè)計shrna嗎

siRNA 基因沉默子進入培養(yǎng)細胞，可快速有效地短暫地降低靶基因的表達。使用嘌呤酶素選擇 shRNA 或 shRNA 慢病毒顆粒是一種達到穩(wěn)定基因沉默的方法。因此，如果一個靶基因的蛋白轉(zhuǎn)換較慢，shRNA 質(zhì)?；?shRNA 慢病毒顆粒應(yīng)該是達到同樣效果的理想...

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